Основной голкипер сборной Германии. В 20 лет Нойер стал первым номером "Шальке" и терпеливо дожидался своего часа в сборной. Так, в отборочном цикле чемпионата мира-2010 играли Роберт Энке и Рене Адлер, однако первый трагически погиб, а второй получил тяжелую травму. В ЮАР ставка была сделана именно на Нойера, и Мануэль не подкачал, сыграв достаточно надежно и пропустив лишь три гола в шести матчах, став достойным преемником игравших на предыдущих турнирах Оливера Кана и Йенса Леманна. Годом ранее Нойер стал чемпионом Европы среди молодежных команд.

Летом 2011 года Нойер перешел в "Баварию" и был проклят в родном Гельзенкирхене, однако это не сказалось на его игре. Едва не сделал "Баварию" победителем Лиги чемпионов, парировав в финале пенальти от Маты, а затем забив сам. Но партнеры оставили Нойера без почетного трофея. В отборочном цикле Евро-2012 сыграл все 10 матчей без замен, пропустив 7 голов.

Нойера отличает спокойная манера игры: он практически не кричит на защитников, но при этом всегда предельно внимателен и надежен.