Фетфацидис родился в футбольной семье, потому его судьба была предопределена, однако в итоге он к 20 годам добился куда большего, чем игравший в низших лигах отец. С 13 лет Яннис играл в "Олимпиакосе", где сейчас является потенциально сильнейшим игроком клуба. В детстве у Янниса возникли проблемы, схожие с напастями у Лео Месси - мальчик из-за нехватки гормонов не рос, и сейчас его рост не достиг и 170 сантиметров. Не удивительно, что из-за великолепной техники и владения мячом его называют не иначе, как "греческий Месси".

Фетфацидис играет на позиции атакующего полузащитника либо слева, его позиция вингера неплохо вписывается в схему 4-3-3, которую предпочитает Фернанду Сантуш. В отборочном цикле забил два гола в шести матчах (оба - в матче с Мальтой, выигранном греками со счетом 3:1).

В последнем, чемпионском сезоне "Олимпиакоса", на поле выходил от случая к случаю, но свой шанс обычно использовал, отличившись в двух последних матчах первенства. Хотя к тому времени его клуб уже гарантировал себе первое место.