Жуан Моутинью начинал карьеру в молодежной команде "Спортинга" у Паулу Бенту, который вернул его в сборную. Карлуш Кейруш Моутинью игнорировал и не взял на чемпионат мира в ЮАР, тогда как на Евро-2008, у Луиса Фелипе Сколари, он был основным игроком центра поля. Дебютировал за сборную в 18 лет.

Играет на позиции центрального хавбека, составляя в сборной трио с Карлушем Мартиншем и Раулом Мейрелешем. При этом на Моутинью в целом возложены более креативные функции - помогать тройке форвардов. В отборочном цикле Евро-2012 сыграл девять матчей, забил гол в ворота Исландии, при этом при Паулу Бенту все матчи отыграл без замен.

После шести лет в первой команде "Спортинга", где стал настоящим символом клуба, Моутинью перешел в "Порту", где разом выиграл чемпионат страны и Лигу Европы, получив чемпионский титул и в 2012 году.