Двухметровый защитник пропустил почти три месяца из-за травмы лодыжки, однако должен успеть набрать форму к чемпионату Европы. И пусть в сборной его подпирают честолюбивые дублеры (в частности, Матс Хуммельс), терять основного с 2005 года защитника бундестим нежелательно. Мертезакер занял место в сборной в отборочном цикле чемпионата мира-2006, сыграв в основном составе на трех крупных турнирах (в сумме - 19 матчей). Пропустил за два чемпионата мира и Евро-2008 Пер лишь матч за третье место домашнего мирового первенства. Сыграл семь матчей в отборочном цикле Евро-2012.

В сборную Мертезакер привлекался еще из "Ганновера", а в "Вердере" он стал настоящей звездой. В конце августа 2011 года Мертезакер перешел в лондонский "Арсенал", где стал основным защитником вплоть до злополучной травмы, полученной в матче с "Сандерлендом" 11 февраля.

Несмотря на очень высокий рост, Мертезакер неплохо играет внизу и редко нарушает правила, здорово организуя атаки. Подругой Мертезакера является гандболистка сборной Германии Ульрике Штанге.